SAN DIEGO–(BUSINESS WIRE)–Arima Genomics, Inc., une société de biotechnologie axée sur l’accélération de l’adoption des informations sur la structure du génome dans le but d’améliorer les recherches, diagnostics et thérapies médicaux, a annoncé aujourd’hui le lancement commercial complet de l’application HiChIP basée sur sa plateforme Arima-HiC existante. Avec ce lancement, les chercheurs peuvent désormais obtenir des interactions chromatine à longue distance spécifiquement enrichies à des emplacements génomiques occupés par des protéines d’intérêt à partir d’une seule expérience, permettant une vitesse de découverte et de publication à des coûts réduits.
Ce lancement public met un terme au succès du développement commercial et des programmes de tests bêta qui ont produit une preuve supplémentaire du besoin du marché, une amélioration des performances du produit avec un contrôle qualité amélioré et fourni des commentaires précieux issus des validations clients. « Nous sommes très satisfaits des données obtenues avec le protocole Arima HiChIP », a déclaré Tamas Ordog, professeur de physiologie à la Mayo Clinic. « Les résultats montrent une grande reproductibilité et une excellente qualité globale, et le kit permet d’économiser du temps et des coûts de séquençage. Nous apprécions plus particulièrement les étapes simplifiées de contrôle qualité et la facilité d’utilisation. Arima HiChIP est, dans son ensemble, un outil de grande valeur. » Le leader d’opinion clé Peter Scacheri, professeur à l’Université Case Western et membre du Case Comprehensive Cancer Center, a ajouté : « Nous sommes satisfaits de la nature informative et de la qualité des données Arima-HiChIP. »
Les données HiChIP peuvent analyser les fondements mécanistes de la régulation des gènes et comment ils aboutissent à un état pathologique. « L’enrichissement des caractéristiques de la chromatine active via H3K27ac ou H3K4me4 HiChIP nous permet de découvrir des événements de boucle de chromatine à haute résolution qui facilitent le contrôle des gènes dans les cellules souches musculaires pendant que ces gênes transitent d’un état de repos vers leur différenciation en myofibres régénératrices durant la régénération musculaire en des conditions saines, ou sous l’effet du vieillissement ou de maladies telles que les dystrophies musculaires », a précisé Lorenzo Puri, professeur chargé du programme Développement, Vieillissement et Régénération au Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute.
Reconnaissant la valeur de HiChIP mais ne disposant pas de kits validés commercialement, la communauté scientifique avait jusqu’ici improvisé cette biochimie. « Nous avons testé indépendamment le logiciel HiChIP car il fournit les informations critiques que nous obtenions précédemment en effectuant des expériences HiC et ChIP-Seq distinctes », a expliqué Yin Shen, professeur adjoint à l’Université de Californie à San Francisco, qui étudie la génétique de la neuropsychiatrie. « Même avec nos échantillons neuronaux à différenciation terminale les plus compromis, Arima-HiChIP a généré d’excellentes données reproductibles, résultat que notre version maison ne parvenait pas à atteindre, tout en nous évitant de substantiels coûts de reproductivité. »
Les avis et données générés par les premiers clients ont également aidé à comprendre le positionnement de HiChIP dans le contexte des tests connexes tels que HiC et ChIP-Seq. En particulier, alors que HiC reflète le cadre global de l’organisation du génome, HiChIP l’enrichit pour obtenir des interactions de chromatine ciblées provenant d’emplacements génomiques spécifiques offrant un intérêt pour la recherche. Selon les exigences de l’étude, un chercheur peut tirer parti de la solution HiC complète, de la HiChIP à résolution plus fine ou des deux. « L’analyse combinée de ces données HiChIP avec nos données génomiques HiC est essentielle pour notre compréhension aussi bien du compartimentage et des cadres topologiques plus larges influençant la régulation des gènes, que des connexions de résolution plus fines entre des éléments cis-régulateurs spécifiques », a souligné le professeur Puri.
Parce que les données HiChIP d’interaction de la chromatine reflètent le repliement inhérent (et le repliement incorrect) du génome en trois dimensions, elles peuvent également et surtout éclairer des aspects des gènes mal régulés sur un réarrangement chromosomique du cancer, et ce sont là des informations critiques que n’évaluent pas les expériences ChIP-Seq traditionnelles. « Nous observons dans les génomes du cancer non seulement des interactions cis-régulatrices intra-chromosomiques, mais aussi des interactions cis-régulatrices ectopiques inter-chromosomiques sur des chromosomes réarrangés. Nous pensons que ces données aideront à mieux évaluer la relation entre les événements génétiques et épigénétiques des moteurs du cancer », a souligné le professeur Scacheri.
En réponse aux besoins des clients en matière d’analyse de données, la société a collaboré avec des partenaires académiques pour optimiser les outils open source de bioinformatique validés par la communauté, tels que MAPS. Le pipeline Arima MAPS génère automatiquement des statistiques de contrôle qualité facilement compréhensibles et, quand l’utilisateur appuie sur le bouton pour continuer, il génère des cartes thermiques d’interaction de la chromatine et des tracés d’arc que les navigateurs génomiques peuvent aisément visualiser. En plus d’offrir des analyses de données rationalisées, la société se concentre sur le service client et l’optimisation de l’expérience dans le cadre de ses efforts soutenus pour progresser plus rapidement de l’échantillonnage vers la découverte et la publication. « L’équipe d’assistance technique d’Arima a été exceptionnelle », a ajouté le professeur Ordog.
La société a développé HiChIP sur sa plateforme Arima-HiC existante afin de déployer les solutions HiC et HiChIP sur un kit Arima universel. De plus, la société a intensifié ses opérations et renforcé son équipe commerciale pour rendre ces kits accessibles à l’échelle mondiale. « Le lancement de nos kits et services Arima-HiChIP validés client marque une étape importante, car il permet la commercialisation d’une approche HiC ciblée et également une amélioration de la solution ChIP-Seq traditionnelle », a déclaré Joseph Spidle, directeur commercial chez Arima Genomics. « Notre objectif est d’ajouter à la plateforme Arima-HiC des applications significatives et scientifiquement pertinentes alors que nous démocratisons la disponibilité des informations structurelles génomiques pour accélérer les recherches fondamentale et interventionnelle. »
À propos d’Arima Genomics
Arima Genomics, Inc. est une société de biotechnologie qui vise à accélérer la compréhension de la séquence et de la structure du génome, et de son rôle dans la santé, la maladie et l’évolution des espèces. Pour en savoir plus, rendez-vous sur : http://www.arimagenomics.com.
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